サンマグノリア共和国。そこは日々、隣国である“帝国”の無人兵器《レギオン》による侵略を受けていた。
　　しかしその攻撃に対して、共和国側も同型兵器の開発に成功し、辛うじて犠牲を出すことなく、その脅威を退けていたのだった。
　　そう、表向きは。
　　本当は誰も死んでいないわけではなかった。
　　共和国全85区画の外。《存在しない“第86区”》。そこでは“エイティシックス”の烙印を押された少年少女たちが日夜《有人の無人機として》戦い続けていた――。
　　死地へ向かう若者たちを率いる少年・シンと、遥か後方から、特殊通信で彼らの指揮を執る“指揮管制官（ハンドラー）”となった少女・レーナ。
　　二人の激しくも悲しい戦いと、別れの物語が始まる！